In een aantal gevallen wordt fysiotherapie vergoed uit de basisverzekering. Dit geldt voor kinderen onder de 18 jaar óf wanneer er sprake is van een chronische indicatie voor fysiotherapie. Om voor chronische vergoeding in aanmerking te komen dienen klachten aan een aantal voorwaarden, welke door de zorgverzekeraar en de politiek worden gesteld, te voldoen om ook als zodanig te worden erkend.
Voor jongeren en kinderen tot 18 jaar geldt als dat de eerste 18 behandelingen worden vergoed uit de basisverzekering. Mochten er meer behandelingen nodig zijn, dan geldt in principe dat deze niet door de basisverzekering worden gedekt. De vervolg behandelingen worden dan vergoed vanuit de aanvullende verzekering (zie boven).

Behandelingen fysiotherapie of manuele therapie welke vergoed worden vanuit de aanvullende verzekering gaan niet ten koste van het eigen risico. Wanneer de behandelingen uit de basisverzekering worden vergoed gaan in veel gevallen deze wel ten koste van het eigen risico.

Dry needling brengt, wanneer het is opgenomen in het behandelplan, geen extra kosten met zich mee. Dry needling valt in dat geval binnen de behandeling fysiotherapie of manuele therapie en wordt vergoed wanneer dit binnen de dekking van de verzekering valt.